Izzie-t sikerül újraéleszteni, azonban George meghal a műtéte közben. A kórházban dolgozó orvosokat megrázza az eset, és mindenkire hatással van. Cristina és Owen többnyire szex-szel próbálják oldani a feszültséget, míg Izzie-nek arról kell döntenie, hogy mihez kezdjenek George szerveivel. Callie összeveszik Richarddal, ezért úgy dönt, hogy felmond, majd a Mercy Westben kap állást. A gyász után a dolgozóknak hamarosan új problémával kell szembenézniük, ugyanis Richard bejelenti, hogy a Grace Klinikát összevonják a város túloldalán fekvő Mercy West-tel. Ennek következtében hamarosan megkezdődik a leépítés… Mikor Meredith és Lexie apja, Thatcher válságos állapotba kerül, kiderül, hogy új májra lenne szüksége, ugyanis a sajátja teljesen szétroncsolódott az alkoholtól. Thatcher a transzplantációs listára nem kerülhet fel, Lexie viszont nem lehet donor, így meggyőzi, hogy Meredith adja oda a májának egy részét. Ezután Meredith hetekig pihen, és nem dolgozik. [A színésznő, Ellen Pompeo terhessége miatt alakult így a történet, hogy elmehessen szülési szabadságra. Ennek ellenére egy epizódból sem maradt ki.] Közben megtörténik a Mercy West és a Grace Klinika összevonása, 4 új rezidenst ismerhetünk meg: Jackson, April, Charles és Reed. Az összevonás után sokakat kirúgnak, Izzie-nek és Aprilnek is távoznia kell egy-egy súlyos hiba után. Callie-nek nincs más választása, mint visszakönyörögni a munkáját Richardnál, azonban nem kell könyörögnie, Richard szó nélkül visszaveszi. Jackson megcsókolja Cristinát Arizona születésnapi buliján, azonban Cristina számára nem jelent semmit, és úgy tesz, mintha meg sem történt volna.

  Owen elhívja egy régi barátját, akit még Irakban ismert meg, Teddy-t. Teddy szívsebész, így Owen meglepetésként szánja Cristinának. Ennek ellenére Crstina nincs elragadtatva először a nőtől, majd később belátja, hogy tévedett, és kezdi megszeretni. Izzie távozása után nem ad magáról életjelet, majd váratlanul visszatér, hogy segítsen egykori tanárán. Kiderül, hogy Izzie Alexet is hibáztatja, amiért kirúgták. Richard a rá nehezült nyomás hatására – az összevonás, valamint a tanács ki akarja túrni őt az állásából – az italhoz fordul, pedig már évtizedek óta nem ivott (már korábban egyszer alkoholista volt). Az ünnepek alatt nyilvánvalóvá válik Meredith számára, hogy Richard ismét alkoholista, de nem mondja el senkinek. Hálaadáskor megjelenik Miranda apja, akihez még csak most jutott el a hír, hogy Miranda válik… Cristina úgy véli, hogy van valami Teddy és Owen között, Mark életében pedig feltűnik egy 18 éves Sloan nevű lány, akiről kiderül, hogy a lánya, ráadásul terhes. Mivel Sloant kirúgta az anyja, Mark befogadja őt. Sloan érkezése több vitát szül Mark és Lexie között, míg végül Lexie szakít Markkal. Azután Lexie lefekszik Alex-szel, Mark pedig Los Angeles-i útja során Addisonnal. Mindketten bevallják egymásnak a dolgot, de Mark hatalmasat csalódik Lexie-ben és rá sem bír nézni azután.

  Derek látja Meredith-en, hogy tud valamit Richard-ról, amit nem mond el, ezért kényszeríti, hogy mondja el az igazat. Meredith megteszi, de nem engedi Dereknek, hogy szóljon erről bárkinek is, de végül kiderül az igazság. Mikor Cristina megtudja, hogy Teddy el akar menni Seattle-ből, nagyon megijed, és utána fut. Cristina tulajdonképpen felajánlja Owent Teddy-nek, hogy maradjon, bár ezt később nagyon megbánja. Végül Owen és Cristina együtt marad, és Teddy sem megy el. Izzie visszatér, hogy rendbehozza a dolgokat, de látja, hogy ez már nem lehetséges, ezért végleg távozik. Richard vezetői pozícióját Derek veszi át, és bevezet néhány változást. Első sorban visszavesz néhány kirúgott rezidenst, köztük Aprilt is. Derek szeretné, ha Richard elmenne az elvonóra, de Richard csak nehezen írja alá a papírokat… Pár hét után Richard megbékél a helyzettel, és visszatér dolgozni általános sebészként. Mark megpróbál nem beszélni Lexie-vel, közben pedig kitalálják Callie-vel, hogy ők együtt fogják felnevelni Sloan babáját. Sloan beleegyezik, de közben erősen gondolkodik az örökbeadásról, amit még Los Angelesben Addison javasolt neki. Közben kiderül, hogy Jackson nagyapja a híres sebész: Harper Avery. Egy műtét során Miranda betege felébred. Miranda az altatóorvost okolja, Bent, de aztán Ben bebizonyítja neki, hogy nem az ő hibája volt, hogy a beteg felébredt. Idővel Ben megpróbál közeledni Mirandához, amit először Miranda elutasít, de aztán több randin is túlesnek.

  Arizona és Callie megpróbálják összehozni Markot és Teddy-t, bár mindketten máshogy… Végül Mark és Teddy elmennek randira, és néhány randi után le is fekszenek egymással. Alexet meglátogatja rég nem látott testvére, Aaron, aki elmondja, hogy azóta nem hallottak Alexről, amióta Seattle-be érkezett. A két testvér között több vita is kialakul… Alex továbbra is lefelszik Lexie-vel, majd végül kijelentik, hogy ők egy pár, bár valójában nincsenek mély érzelmek. Sloan éjszaka jelenik neg Mark lakásán, mert éppen szülni készül és Teddy segíti világra a babát, mert nincs idő elvinni a kórházba. Sloan végül örökbeadja a babát, bár Marknak ez nagyon fáj. Mikor Tom Evans (szívsebész) megjelenik a kórházban, Teddy állása veszélybe kerül, mert neki csak átmeneti szerződése van. Cristina megijed, hogy esetleg elveszíti Teddy-t, ezért megkéri Owent, hogy beszéljen Derekkel Teddy érdekében, de Owen pont az ellenkezdőjét teszi, és azt monjda Dereknek, hogy Teddy könnyen találna állást máshol is. (Minderről Cristina semmit nem sejt.) Derek felajánlja Tom Evans-nak a munkát, de mivel ő elutasítja, Teddy marad… Mark lefekszik Reed-del is, Teddy pedig meglátja őket, de nem haragszik rá, mert hivatalosan nem jártak. Mark miután Sloan és a baba elmegy, újra akarja kezdeni a kapcsolatát Lexie-vel, de Lexie már Alex-szel van…

  Callie megtudja, hogy Arizona nem akar gyerekeket soha, ami szörnyen zavarja, mert ő szeretne. Bár nagyon szeretik egymást, a gyerek-kérdés miatt végül szakítanak. Owen kénytelen bevallani Cristinának, hogy mikor Derekkel beszélt, nem Teddy-ért, hanem Teddy ellen szólt, így Cristina számára nyílvánvalóvá válik, hogy Owen szereti Teddy-t is. Egy idősödő házaspár érkezik a kórházba, Mr. és Mrs. Clark. A nőt megműtik, azonban a műtét után már csak minimális agyműködés észlelnek, és mivel Mrs. Clark kérte, hogy gépekkel ne tartsák életben, kénytelenek lekapcsolni a gépekről, annak ellenére, hogy a férj, Gary Clark nem akarja. [Richard a nő orvosa, és Lexie kapcsolja le a gépeket, amiről előzőleg Derek döntött.] Néhány héttel később Mr. Clark perelni kezdi a kórházat, amiért Derek úgy döntött, hogy lekapcsolják a gépekről Mrs. Clark-ot, de a tárgyalás nem vezet semmire. A férfiben felgyülemlett düh és harag ahhoz vezet, hogy egy alkalommal megjelenik a kórházban, Dereket keresve, azzal a szándékkal, hogy megöli. Meredith közben rájön, hogy terhes. A hírt csak Cristinának tudja elmondani, Dereknek is el akarja, de erre már nincs lehetősége… Mr. Clark lelövi Reed-et, aki azonnal meghal, majd Alexet is meglövi az oldalán. Azután Derek lezárást rendel el a kórházban, mindenkinek ott kell maradnia, ahol éppen van. Callie és Arizona a gyerekosztályon ragadnak, ahol senki nem sérül meg. Mr. Clark meglövi Charlest is, akit Miranda próbál megmenteni az egyik betegének a segítségével, de a lifteket is leállítják, így Miranda képtelen eljuttatni Charlest a műtőbe, így meghal. Mark megpróbálja megmenteni Alex-et, de kimentik őket, és egy másik kórházban fejezik be a műtétet. Lexie szerelmet vall Alexnek Mark szeme láttára. Teddy, Owen és Jackson egy beteggel a műtőben ragad… Közben Mr. Clark Dereket is lelövi Meredith szeme láttára. Cristina az egyetlen, aki még higgadtan tud gondolkodni, ezért fog egy tolókocsit, fogják Dereket és leviszik a műtőbe, annak a reményében, hogy majd ott Teddy megmenti. A műtőbe érve azonban csalódniuk kell, ugyanis Teddy és Owen elmentek, már csak Jackson van ott. Cristinára vár a feladat, hogy megműtse Dereket, Meredithnek a műtőn kívűl kell maradnia… Owen visszamegy a kórházba Cristináért, ezzel pedig jelzi, hogy őt választja, nem pedig Teddyt. Mikor visszaér, látja, hogy Mr. Clark fegyvert fog Cristina fejéhez, hogy hagyja abba a műtétet, de Cristina nem teszi. Miután a férfi Owent is meglövi, Jackson kihúzza a monitor zsinórját, így Mr. Clark azt hiszi, hogy Derek halott, ezért elmegy. Mindeközben Meredith is azt hiszi, hogy Derek meghal, így a nagy trauma hatására elvetél. Dereket és Owent is sikerül megmenteni. Végül Arizona és Callie belátják, hogy a gyerekvállalás nem állhat közéjük, ezért kibékülnek. Az évad azzal ér véget, hogy Meredith kidobja a kukába a pozitív terhességi tesztet…